Em 1996 teve início o Programa Eco-Escolas, com o objetivo de incutir na população escolar hábitos de proteção do ambiente. Neste ano participaram 58 escolas a nível nacional, das quais 17 pertenciam à Região Centro.
No ano letivo de 1999/ 2000 a Escola Básica José Ferreira Pinto Basto candidatou-se ao Programa Eco-Escolas e foi a primeira escola do concelho de Ílhavo a participar neste projeto. Em setembro de 2000, em cerimónia ocorrida no Parque das Nações, foi agraciada com a primeira Bandeira Verde das Eco-Escolas.
No ano seguinte a adesão estendeu-se às escolas do 1.º Ciclo. Posteriormente, no ano letivo de 2012/ 2013, a escola secundária Dr. João Carlos Celestino Gomes passou a integrar o atual Agrupamento de Escolas de Ílhavo. Desde então, todos os estabelecimentos de ensino que o compõem passaram a hastear, anualmente, a Bandeira Verde Eco-Escolas. Somos, literalmente, um ECO-AGRUPAMENTO, um dos poucos ao nível nacional que se pode orgulhar dessa proeza.
Este projeto tem sido dinamizado em parceria com a ABAE – Associação da Bandeira Azul da Europa e com a Câmara Municipal de Ílhavo. O envolvimento de alunos, professores, assistentes e entidades externas permitiu o desenvolvimento de um leque muito variado de atividades relacionadas com a preservação do ambiente, reciclagem, arranjo dos espaços exteriores da escola, auditorias ambientais, exposições temáticas, além, é claro, da articulação destas temáticas com os conteúdos letivos.